پس از فتح خرمشهر ماهیت جنگ با ورود سلاحهای کشتار جمعی تغییر یافت. ولی امر مسلمین به عنوان فرماندهی کل قوا پس از استدلالهای منطقی فرماندهان جنگ رضایت به ادامه دفاع در خاک عراق داد. مناطق مسکونی و شهرها هدف بمبارانها و موشکهای مختلف قرار گرفت اما در هر صورت 6400 کیلومتر مربع خاک متصرفی از سوی عراق به دفاع در عمق 1500 کیلومتر مربع بوسیله ایران تبدیل گشت. پایان جنگ مورد توافق طرفین قرار گرفت صدام همچنان بر موج حملات خود افزود. ولی سرانجام با فشارهای بینالمللی طرفین رضایت به آتش بس و اجرای قطعنامه دادند. امام در پذیرش قطع نامه ضمن بیان معامله آبروی خود با خدا و نوشیدن جام زهر میگوید: کسی تصور نکند که ما راه سازش با جهان خواران را نمیدانیم ولی هیهات که خادمان اسلام به ملت خود خیانت کنند.»